Η διαδρομή του επιβατηγού οχηματαγωγού “Express Samina” των Μινωικών Γραμμών, ήταν Πειραιάς – Πάρος – Νάξος – Ικαρία – Σάμος – Πάτμος – Λειψοί. Το τελικό ταξίδι του πλοίου ήταν στις 26 Σεπτεμβρίου 2000.
Το βράδυ της 26ης Σεπτεμβρίου 2000 το πλοίο αναχώρησε από το λιμάνι του Πειραιά με 533 άτομα, 472 από τους οποίους ήταν επιβάτες και τα υπόλοιπα 61 μέλη του πληρώματος. Περίπου στις 22:12 το πλοίο πλησίασε στο λιμάνι της Παροικιάς, με τους ανέμους των 8 Beaufort να μαίνονται. Δύο μίλια από την Πάρο, το πλοίο χτύπησε στα νησάκια “Πόρτες” με 18 κόμβους, με αποτέλεσμα μια ρωγμή στο δεξιό κύτος του πλοίου, μήκους περίπου τριών μέτρων, στη βάση της δεξιάς λεπίδας σταθερότητας. Το νερό πλημμύρισε το μηχανοστάσιο του πλοίου, αναγκάζοντάς το να γυρίσει γρήγορα προς τα δεξιά και τελικά να βυθιστεί μέσα σε 25 λεπτά.
Πανικός επικράτησε στους επιβάτες λόγω της διακοπής του ρεύματος που δεν αποκατάστησε η γεννήτρια έκτακτης ανάγκης, επί πλέον δεν λειτουργούσε ούτε η σειρήνα έκτακτης ανάγκης, οπότε δεν υπήρχαν πληροφορίες από τα φορητά μεγάφωνα του πλοίου. Πολλοί άνθρωποι πήδησαν τυφλά στη θάλασσα. Αρχικά, οι πληροφορίες που κοινοποιήθηκαν στην αίθουσα επιχειρήσεων του Υπουργείου Εμπορικής Ναυτιλίας δεν περιγράφουν τη σοβαρότητα της κατάστασης. Χρειάστηκε λίγος χρόνος πριν η Λιμενική Αρχή της Πάρου διατάξει όλα τα πλοία να προσεγγίσουν τη θέση του “Σαμίνα”. Ακτοπλοϊκά σκάφη, βάρκες αλιέων και ένα βρετανικό του ΝΑΤΟ έφτασαν στο σημείο του ναυαγίου και ξεκίνησαν τη λειτουργία διάσωσης. Πολλοί από τους επιζώντες μεταφέρθηκαν στο κέντρο υγείας της Πάρου. 101 άνθρωποι πνίγηκαν.
Μετά από έρευνα διάρκειας 12 μηνών, οι διορισμένοι εμπειρογνώμονες υπέβαλαν την έκθεσή τους στις αρχές. Συγκεκριμένα:
1) Ο χειρισμός του πληρώματος παρακολούθησης γέφυρας ακόμη και λίγα λεπτά πριν από την πρόσκρουση ήταν ανεπαρκής ώστε να αποφευχθεί η σύγκρουση. Περίπου 15 λεπτά πριν από την πρόσκρουση, στο πλοίο υπήρχε απουσία ασφαλών κανόνων πλοήγησης, σε συνδυασμό με τις δυσμενείς καιρικές συνθήκες που επικρατούσαν και η πορεία του καθοριζόταν από αυτόματο πιλότο υπό την ευθύνη του παρατηρητηρίου γέφυρας και η ακριβής θέση δεν ήταν γνωστή στον αρχηγό.
2) Η ευθύνη του πλοιάρχου και του 2ου καπετάνιου ήταν να εξασφαλίσει ότι οι υδατοστεγείς θύρες ήταν ερμητικά σφραγισμένες, που ήταν ανοιχτές παραβιάζοντας το πιστοποιητικό ασφαλείας.
3) Μετά τη συντριβή, οι αξιωματικοί του μηχανοστασίου δεν ειδοποίησαν αμέσως τον πλοίαρχο για το σφάλμα, παραλείποντας να κλείσουν τρεις από τις 11 στεγανές πόρτες, με αποτέλεσμα την ταχεία εισροή νερού μέσα στο σκάφος. Η καθυστέρηση ειδοποίησης του κυβερνήτη ήταν 8-10 λεπτά.
4) Η σειρήνα έκτακτης ανάγκης για την εγκατάλειψη του πλοίου και οι σχετικές πληροφορίες από τα μεγάφωνα του πλοίου δεν χρησιμοποιήθηκαν υπό την ευθύνη του πλοιάρχου και δεν υπήρξε καθοδήγηση από το πλήρωμα για την οργάνωση της εκκένωσης του πλοίου.
5) Πολλές σωσίβιες λέμβοι δεν ήταν εξοπλισμένες με πινακίδες και δεν είχαν σφυρίχτρες.
6) Λίγο μετά την σύγκρουση το πλοίο βυθίστηκε στο σκοτάδι, καθώς η γεννήτρια έκτακτης ανάγκης είχε σταματήσει να λειτουργεί μέσα σε λίγα λεπτά μετά τη συντριβή.
7) Δεν έγινε διαβίβαση της θέσης του ναυαγίου με ευθύνη του πλοιάρχου και του ραδιοτηλεοπτικού φορέα του πλοίου, με αποτέλεσμα τη δυσκολία των ομάδων έρευνας και διάσωσης.
Ο πλοιοκτήτης Παντελής Σφηνιάς αυτοκτόνησε μετά το ναυάγιο. Ο πρώτος μηχανικός Αναστάσιος Σορώκας παραιτήθηκε στις 19 Σεπτεμβρίου υποστηρίζοντας ότι το πλοίο ήταν παλιό, είχε σοβαρά προβλήματα λόγω έλλειψης συντήρησης και δεν έπρεπε να ταξιδεύει.
